400 سال در آینده ، که در سال 2415 تنظیم شده است ، Aeon Flux یک قاتل مرموز است. چهار قرن پس از ویروس ، تقریباً نسل بشر نابود شد و تنها پنج میلیون بازمانده در شهری آرمانشهر به نام Bregna باقی ماند. ایون در تلاش است تا رژیم گودچیلد را به رهبری همنام خود ، ترور گودچیلد ، حاکم برگنا و از فرزندان مردی که درمانی برای ویروس کشنده یافت ، نابود کند. طبق دستور هندلر ، ائون مامور ترور گودچیلد است ، اما باید اسرار عمیق تری کشف شود و توطئه ها خنثی شوند.